据不完全统计，从2010年至今，研究院在Science、Nature系列（Nature Materials、Nature Communications）、Physical Review Letters、Advanced Materials、Light: Science & Applications、Nano Letters、Optics Letters和Applied Physics Letters等国际著名学术刊物上共发表SCI论文500余篇，总影响因子超过2200，篇均影响因子为4，其中单篇影响因子最高的是2013年宋道红以共同第一作者发表的Nature Materials论文，影响因子为35.7。
2021年4月，我院陈志刚教授、许京军教授课题组发表的Science论文，为南开大学物理学科首篇Science。